Califat d'Al Andalus, Espagne, année 976. Voilà près de soixante ans que le califat est placé sous le signe de la paix, de la culture et de la science. A la mort du calife tout bascule. Le vizir Amir prend le pouvoir mais pour avoir un soutien politique, il s’associe aux extrémistes religieux qui lui demandent de bruler les livres de la bibliothèque de Cordoue. Tariq, l’eunuque, employé à la bibliothèque, décide de sauver ce qu’il peut à dos de mulet et de s’enfuir.

Un petit village de sorcières bâti loin des hommes et d’une brume maléfique voit son quotidien bouleversé par l’adoption de Tempérance. Tempérance, c'est une demi-ogresse recueillie bébé par la sorcière Grisette. Devenue grande, celle-ci souhaite devenir à son tour sorcière alors que la brume se répand de nouveau. Tempérance découvre sa résistance à la brume, et son envie d’y plonger toute entière.  Débute alors un long périple pour découvrir les origines de la Brume et de Tempérance.

Fujino, adolescente surdouée, a une confiance absolue en son talent. Kyômoto, elle, se terre dans sa chambre et pratique sans relâche. Deux jeunes filles d'une même ville de province, qu'une passion fervente pour le dessin va faire se rencontrer, et unir par un lien indéfectible car en réalisant que le niveau de dessin d'une élève recluse est supérieur au sien, Fujino décide de tout faire pour la battre.

Madoka est un petit garçon. Mais ce qu’il préfère, ce sont les peluches et les robes que lui confectionne sa sœur. Hélas, ses camarades n’ont pas toujours réussi à comprendre ses goûts et cela lui a parfois causé du tort. Aussi, quand suite à un déménagement, il se retrouve dans une nouvelle classe, il se promet de se comporter « comme un garçon ». Mais Itsuki, sa voisine de classe qui ne se sent pas très à l’aise avec ce qu’on attend des filles, remarque très vite Madoka. Et si c’était le début de leur histoire d’amitié ?